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Invitrogen™ WT Expressionskit, hoher Durchsatz

Erzeugt amplifizierte cDNA mit codogenen Strängen, die für die Fragmentierung und Markierung mit dem Affymetrix™ GeneChip™ WT-Terminus-Markierungskit geeignet ist

Marke:  Invitrogen™ 4440536

Weitere Details : Gewicht : 0.00450kg

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Artikelnummer. 15524334

  • 7690.00 € / 96 Reaktionen


Verfügbar ab
09-10-2020
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Nur für Forschungszwecke. Die Anwendung muss den Produktanweisungen entsprechen.


Beinhaltet: 150 μl First-Strand Enzym-Mischung; 600 μl First-Strand-Puffermischung; 650 μl Second-Strand-Enzym-Mischung; 1.45  ml Second-Strand-Puffermischung; 850 μl IVT-Enzym-Mischung; 1.4 ml IVT-Puffermischung; 10 μl Control RNA 1 mg/ml; 1.45 ml 2-ND-Cycle-Puffermischung; 300 μl Random-Primer; 1 ml 2-ND-Cycle-Enzym-Mischung; 300 μl RNase H; 12.5 ml Nukleinsäure-Bindungskonzentrat; 2.5 ml Nukleinsäure-Lösung; 50 ml Nukleinsäure-Bindungslösung; 22 mL Elution-Lösung

Beschreibung

Beschreibung

Eliminiert separate rRNA-Abbauschritte, bewahrt die Transkriptom-Abdeckung
Die Affymetrix Amplifikationsmethode der ersten Generation erfordert eine Erschöpfung der ribosomalen RNA (rRNA) aus RNA-Proben für eine optimale Analyse auf Exonebene. Umgekehrt verwendet das Ambion™ WT Expression Kit eine neuartige Reverse Transkription (RT)-Primingmethode, die einen separaten rRNA-Abbauschritt unnötig macht. Das Kit enthält RT-Primer, die mit einem firmeneigenen Oligonukleotid-Vergleichsalgorithmus entwickelt wurden, der Primer-Sequenzen mit Homologie bekannter ribosomaler RNAs eliminiert. Das Ergebnis ist eine vollständige und unvoreingenommene Abdeckung des Transkriptoms, wobei die rRNA-Amplifikationswerte deutlich niedriger sind als die anderer Methoden.

Konsistente Ergebnisse durch weniger Input-RNA
Mit dem Ambion WT Expression Kit können Proben von nur 50 ng der gesamten RNA für Affymetrix GeneChip Human-, Maus- und Ratten-Exon- und Gen-1.0 ST-Arrays analysiert werden. Frühere Methoden erforderten 1 μg Gesamt-RNA: Es war oft schwierig oder unmöglich, diese aus begrenzten Quellen wie Stammzellen oder kleinen Gewebeproben zu gewinnen. Der geringe Bedarf an Input-RNA erlaubt die Analyse seltener Proben und ermöglicht effizientere und kostengünstigere Experimente für die meisten Probentypen. Um die Leistung des WT Expression Kit zu demonstrieren, wurde RNA aus drei Probentypen (HeLa-Zellen und Microarray Quality Control (MAQC) A- und B-Proben) in dreifacher Ausführung entweder mit dem Affymetrix GeneChip WT cDNA Synthesis and Amplification Kit oder dem WT Expression Kit vorbereitet und auf Human Exon1.0 ST Arrays analysiert. Die mit dem Affymetrix-Protokoll vorbereitete Gesamt-RNA (1 μg) wurde einem rRNA-Abbauschritt unterzogen, während nur 50 ng Gesamt-RNA (20-mal weniger) für die Mikroarray-Analyse mit dem WT Expression Kit vorbereitet wurde. Beide Probensets wurden gemäß den Empfehlungen des Herstellers gehandhabt. Die direkte Korrelation der Verhältnisse von Protokoll 2 für die MAQC-Proben A und B war hoch, (r > 0.94) sowohl auf Exon- als auch auf Transkriptebene. Die Korrelation der 2 Protokollverhältnisse mit Genexpressionsdaten, die mit TaqMan™ Genexpression-Assays für Echtzeit-PCR gewonnen wurden, war für beide Kits ebenfalls hoch (Daten siehe Produktbulletin).

Mehr differenzielle Expression mit weniger RNA identifizieren
Zusätzlich zu den geringeren Input-RNA-Anforderungen bietet das WT Expression Kit eine signifikante Erhöhung der Empfindlichkeit. Eine größere Anzahl von Sondensätzen, die über dem Hintergrund erkannt wurden, wurde mit dem WT Expression Kit auf Exonebene aufgrund eines erhöhten Signal-Rausch-Verhältnisses erzielt. Ein Vergleich der Ergebnisse der Differenzialexpressionsanalyse aus den beiden Methoden ergab, dass bei Arrays, die mit Proben, die mit dem WT Expression Kit erstellt wurden, hybridisiert wurden, deutlich mehr differenzielle Expression beobachtet wurde, während differentiell exprimierte Gene und Exons von MAQC A- und MAQC B-Proben ähnlich waren (78 bzw. 89 %). 499 weitere Gene und 6,850 weitere Exons wurden in Proben, die mit dem Ambion-Kit hergestellt wurden, unterschiedlich exprimiert, verglichen mit Proben, die mit dem Affymetrix-Kit hergestellt wurden.

  • Optimiert für die Verwendung mit Affymetrix GeneChip Human, Mouse und Rat 1.0 ST Arrays
  • Ermöglicht die Analyse von RNA-Proben von nur 50 ng auf Affymetrix GeneChip Arrays
  • Unterstützt einen optimierten Arbeitsablauf, der keinen separaten rRNA-Abbauschritt erfordert
  • Ist ideal für hochempfindliche Expressionsprofilierung
  • Für Hochdurchsatz-Automatisierung

Expressionsarray-Markierung, Genexpressionsanalyse und Genotypisierung, Microarray-Analyse, RNA-Amplifikation

Spezifikation

Spezifikation

• 150 µl First-Strand Enzyme Mix (-20°C)
• 600 µl First-Strand Buffer Mix (-20°C)
• 650 µl Second-Strand Enzyme Mix (-20°C)
• 1.45 ml Second-Strand Buffer Mix (-20°C)
• 850 µl IVT Enzyme Mix (-20°C)
• 1.4 ml IVT Buffer Mix (-20°C)
• 10 µl Control RNA 1 mg/ml (-20°C)
• 1.45 ml 2nd-Cycle Buffer Mix (-20°C)
• 300 µl Random Primers (-20°C)
• 1 ml 2nd-Cycle Enzyme Mix (-20°C)
• 300 µl RNase H (-20°C)
• 12.5 ml Nucleic Acid Binding Buffer Concentrate (room temperature)
• 2.5 ml Nucleic Acid Binding Beads (4°C)
• 50 ml Nucleic Acid Wash Solution Concentrate (room temperature)
• 22 ml Elution Solution (4°C or room temperature)
Indirect Labeling
Proprietary
≥ 50 ng total RNA
96 Reaktionen
No
Ambion™
Total RNA
Affymetrix GeneChip®
Videos
Dokumentation

Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung bei diagnostischen Verfahren.